Тем временем настойчивые требования созвать Собор для проведения реформ, выдвинутые сначала эразмианцами в 40-х гг. XVI в. и частично заблокированные взаимными подозрениями короля Франции и императора Священной Римской империи, в конце концов привели к тому, что Собор начал свою работу в Триденте. Первая сессия проходила в 1545-1547 гг., вторая — в 1551-1552 гг. и третья — в 1562-1563 гг. Этот Собор имел решающее значение для будущего облика католической Церкви. 8 апреля 1546 г. важнейшее заявление Собора отвергло утверждение протестантов того, что единственная надежда должна быть возложена на слово Божие в Библии, подчеркнув необходимость Предания и толкования Писания жизнью и опытом Римской Церкви. Заявление вновь подтвердило, что Таинств — семь и все они основаны Христом. Император Карл V, все еще надеявшийся достигнуть компромисса со своими германскими подданными-протестантами, с болью воспринял это заявление.

Кризис в Церкви продолжался, и новый Папа Пий IV, убежденный, что он может быть разрешен путем продолжения работы Тридснтского Собора, после своего восшествия на папский престол вновь созвал Собор. Однако к этому времени орден иезуитов был очень влиятельным в Риме, и хотя вторая сессия Собора смогла вплотную заняться осуществлением структурной реформы, ошибками средневековой Церкви, поскольку ей не удалось жить в соответствии с ее собственными идеалами, никаких уступок реформистам в том, что касалось учения, сделано не было. Собор подтвердил итальянский тип управления Римской Церковью. Паны руководили централизованной организацией, которая все более восстанавливала уверенность в себе, финансовую стабильность и эффективность. В 1587 г. Ватикан приобрел печатный станок, чтобы заняться идеологической войной с протестантами, и тогда же была основана конгрегация “De propaganda fide” с целью распространения веры.