Разгром гитлеровского рейха положил конец созданным при фашизме объединениям протестантских церквей «Дойче кристен» и «Немецкая евангелическая церковь». Протестантские иерархи стремились создать единую церковь, которая бы могла играть определенную роль в политической жизни страны. Поэтому в 1945 г. было объявлено об образовании евангелической церкви Германии, а в 1948 г. представители 27 земельных церквей постановили учредить административные органы евангелической церкви Германии. Границы церковных провинций и епископств не совпадали с границами земель созданных в 1949 г. ГДР и ФРГ, и поэтому в ЕЦГ продолжали входить протестантские церкви как на территории Западной Германии и Западного Берлина, так и на территории ГДР. Только в июне 1969 г. евангелические церкви ГДР решили отделиться и в 1970 г. вышли из евангелической церкви Германии.

Высшими законодательными органами ЕЦГ являются синод и конференция. В них заседают представители от церквей земель, от различных организаций мирян. Но это не рядовые миряне, а представители банков, организаций предпринимателей, высших учебных заведений. Члены синода и конференции избирают исполнительный орган — совет — сроком на шесть лет. Как постоянно действующая инстанция, он играет существенную роль в ЕЦГ. Синод и совет осуществляют свою повседневную деятельность через ряд служб: Церковную канцелярию ЕЦГ, Церковное управление внешних сношений, Палату общественной ответственности, Камеру социального порядка, Камеру по работе среди евангелической молодежи, Камеру по публицистической работе и т. д. Евангелические съезды созываются каждые два года. Это съезды мирян, хотя духовенство в них также участвует. Наряду с вопросами религии на них обсуждаются актуальные проблемы современности.