Помимо государственного и социального устройства древней цивилизации в Индии, ученые задаются вопросом и о возникновении религии на этой территории. Большинство открытых археологами храмов связаны с системой бассейнов для ритуальных омовений. Также в цитаделях Махенжо-Даро и Хараппы были найдены статуи божества, предположительно Шивой.

Обнаруженные в тех местах статуэтки трехликого божества в окружении домашнего скота, и имеющего в своем образе рога, археологи сопоставили с одной из ипостасей Шивы – Пашупати, бога скотоводства.

Тот факт, что в некоторых индуистских источниках, бог Шива описывается с рогом на голове, дает основание предполагать о некоторой связи индуизма и религиозных верований хараппской цивилизации. Также найденные печати говорят об обычаях поклоняться природным стихиям – огню, воде и деревьям. Изображенные на печатях животные связываются не только с принадлежностью определенным богам, но и возможно, тотемистической принадлежностью тех или иных племён.

Несомненно, при изучении археологических находок с территории хараппской цивилизации и ее ближайших соседей, ясно читаются схожие черты в искусстве, религии и традициях. Но тем не менее, даже при наличии относительно общих культурных ценностей, трактовка их осуществляется по-разному. Например, легенда о Гильгамеше, шумерский эпос о полубоге Гильгамеше и его рабе, совершающих различные подвиги во славу своих земель и по поручению богов. Один из эпизодов повествует о том, как могучий воин покоряет львов, но на хараппских печатях изображены тигры. На ряду с поклонением Шиве, было найдено доказательство распространения культа богини-матери на территории Хараппской цивилизации.

По сегодняшний день вопрос о религиозной принадлежности представителей хараппской цивилизации остается открытым.

Несмотря на все находки и следы влияния соседствующих культур, однозначные заявления относительно религиозного развития сделать невозможно, так как некоторые источники остаются нерасшифрованными. По сей день ученые не могут объяснить, как возникла Хараппская цивилизация и куда исчезли ее жители спустя 1000 лет. Ведь единственный источник, который мог бы ответить на вопросы пред возникновения древнеиндийской цивилизации и дать полную картину ее существования, развития и заката — протоиндийская письменность. В настоящее время не удалось найти ключи к древним текстам, и даже определить к какой языковой группе относится язык жителей хараппской цивилизации.